کنشین به زندگی جدیدش با کائورو و دوستانش عادت کرده است که از سوی دولت میجی درخواست کمک می‌شود. ماکوتو شیسیو، یک قاتل سابق مانند کنشین، مورد خیانت قرار گرفته، آتش زده شده و به حال خود رها شده است. او زنده مانده و اکنون در کیوتو با جنگجویانش در حال برنامه‌ریزی برای سرنگونی دولت جدید است. برخلاف خواسته‌های کائورو، کنشین به ناچار موافقت می‌کند که به کیوتو برود و به جلوگیری از بازگشت کشورش به جنگ داخلی کمک کند.